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全能干细胞是能够分化发育成为各种组织器官的细胞，其全能性很强。全能干细胞是指受精卵到卵裂期32细胞前的所有细胞。全能干细胞是指具有无限分化潜能，能分化成所有组织和器官的干细胞。具有形成完整个体分化潜能。
胚胎干细胞就属于这一种。胚胎干细胞在进一步的分化中，可形成各种组织干细胞，又称多能干细胞，多能干细胞也叫APSC多能细胞，它具有分化出多种细胞组织的潜能，但失去了发育成完整个体的能力，发育潜能受到一定的限制。
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