1．mRNA的3′-末端有一段含30~200个核苷酸残基组成的多聚腺苷酸（polyA）。此段polyA不是直接从DNA转录而来，而是转录后逐个添加上去的。有人把polyA称为mRNA的“靴”。原核生物一般无polyA的结构。此结构与mRNA由胞核转位胞质及维持mRNA的结构稳定有关，它的长度决定mRNA的半衰期。
2．mRNA的5′-末端有一个7-甲基鸟嘌呤核苷三磷酸（m7Gppp）的“帽”式结构。此结构在蛋白质的生物合成过程中可促进核蛋白体与mRNA的结合，加速翻译起始速度，并增强mRNA的稳定性，防止mRNA从头水解。
在细胞核内合成的mRNA初级产物被称为不均一核RNA（hnRNA）,它们在核内迅速被加工、剪接成为成熟的mRNA并透出核膜到细胞质。
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