皮肤型的HPV人群感染非常普遍，如上述常见的寻常疣、趾疣、扁平疣等，但无法得到具体的感染率。比较引起注意的是高危型的HPV感染和外生殖器的低危型HPV感染造成的生殖器疣和宫颈癌，据统计在全球的性病中，HPV感染引起的生殖器疣占15-20%。
关于女性生殖道感染HPV的流行情况，据2003-2004年来自美国的国家健康和营养研究课题的一个调查结果，14-59岁的HPV总感染率为26.8%，所以HPV感染对女性造成的负担超出之前的估计。我国的HPV 感染的流行病学筛查未见大样本的报告，但是由HPV感染造成的性病中的尖锐湿疣的发病率在迅速上升，估计发病率应该是性病中最高的，因为存在大量的漏报和不报。我国每年约有13.15万新发现的宫颈癌，报告中发病率和死亡率有增加趋势，且宫颈癌发病年龄年轻化，可以预见HPV感染在我国造成的损失巨大。
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