1688年意大利宫廷医生佛罗伦萨实验科学院成员弗朗切斯科·雷迪用实验证明腐肉生蛆是蝇类产卵的结果,首先对自然发生说提出异议。但由于他未能正确解释虫瘿与肠道蠕虫的来源,人们认为低等动物仍可自然发生。
虽然,A.van列文虎克在1674年发现了微生物,但对微生物的进一步的研究受到许多条件的限制,微生物可以自然发生的信念反而活跃起来,并于18、19世纪达到了顶峰。
1745年英国天主教神甫、显微镜学家约翰·尼达姆用各种浸泡液经消毒后,仍有微生物发生,而坚持自然发生说;他由于受到法国博物学家G.-L.de布丰的支持,曾在科学界轰动一时。
1775年意大利生理学家L.斯帕兰扎尼通过一系列实验,证明J.T.尼达姆实验结果是由于加热不够和封盖不严所造成,因而确信微生物是从空气带入的。他的观点在当时已接近胜利。但他的批评者宣称,由于他使浸出液在密闭管内煮沸了45分钟,杀死了管内空气中的“活力”,因而影响了自然发生。同时,法国化学家J.-L.盖·吕萨克证明发酵和腐烂都必需氧,也使反对意见得到支持,使斯帕兰扎尼的观点未能取胜。
1837年施旺改进了斯帕兰扎尼的实验,通入事前经过加热或“焙烧”的空气,并以青蛙仍能在其中生活,证明并未影响“活力”的存在。但T.A.H.施旺的实验由于存在某些技术问题,结果并不稳定。其后一些学者采取措施消除空气中的微生物,但也未能保证实验取得成功。因而仍有利于自然发生的观点。