感染微生物的各类及其致病力是决定感染发作和疾病预后的主要因素。大约60%～80%的病例是由革兰阳性菌引起的，10%～15%是革兰阴性菌。在Brinton等报告的一组外伤性感染性眼内炎中，表皮葡萄球菌最常见，其次为金黄色葡萄球菌、链球菌和杆菌。在其他病例中，也查到真菌。在革兰阳性菌中，细菌毒力和对眼的破坏作用有较大差别。表皮葡萄球菌属凝固酶阴性葡萄球菌，在医院感染的病例中多见，临床预后较好。金黄色葡萄球菌为凝固酶阳性，毒力较大，临床预后相对较差。芽孢杆菌是一类需氧的、产生芽孢的杆菌，近年逐渐成为外伤后感染性眼内炎中最常见的细菌之一，它们引起的感染发病很快，常在角膜形成特征性的环形脓肿或溃疡，并伴有全身发热和白细胞增多症，容易发展成全眼炎，几乎问题造成视力完全丧失。真菌感染大约占所有感染性病例的10%～15%。已报告引起眼内炎的真菌种类有念珠菌、镰刀菌、曲霉菌、淡紫拟青霉菌等，主要见于外伤后及内源性感染。典型的真菌性眼内炎发病慢、病程长，早期可能无明显症状，以后逐渐出现玻璃体混浊或脓肿。
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