研究者们发现了很多在细胞凋亡时表达异常的基因，检测这些特异基因的表达水平也成为检测细胞凋亡的一种常用方法。据报道，Fas 蛋白结合受体后能诱导癌细胞中的细胞毒性T细胞（cytotoxic T cells）等靶细胞。Bcl-2 和bcl-X （长） 作为抗凋亡（bcl-2 和bcl-X）的调节物，它们的表达水平比例决定了细胞是凋亡还是存活。
一般多采用Northern杂交和RT-PCR走胶对它们进行检测。随着荧光定量PCR技术的发展，用定量PCR技术来检测基因表达水平无疑比之前者更快更准确。Invitrogen公司的Amplifluor Apoptosis Gene Systems就根据这一新技术原理，通过检测fas,bax-alpha 和 bcl-X （长的） 基因的 mRNA表达水平来进行细胞凋亡的检测。
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