黏膜皮肤淋巴结综合征的病原未明，因而有关发病机制也难以阐明。研究认为超抗原(superantigen)作用是黏膜皮肤淋巴结综合征发生的起因。超抗原反应不同于经典的抗原抗体反应，它的特点是有很多的免疫细胞参与有些细菌外毒素，包括金黄色葡萄球菌产生的中毒性休克综合征毒素1(TSST-1)，葡萄球菌肠毒素A至E，链球菌致热外毒素A、B及C，支原体毒素以及某些反转录病毒均可以与单核巨噬细胞的主要组织相容性位点结合然后再结合到T细胞受体β链可变区(TCR-Vβ)的特殊部位这种侧面的铰链样结合既可显著地活化单核巨噬细胞，又可选择性地刺激特殊T细胞使其克隆及增生，释放超量细胞因子，包括IL-1，IL-2TNF-α和IFN-γ等，导致全身血管内皮细胞损伤Melish发现川崎病急性期患者的TCR-Vβ2及TCR-Vβ3有过度表达，恢复期转为正常Leung等对16例川崎病患者的咽直肠腋窝、腹股沟采集的标本进行培养，获得细菌毒素13例，其中11例为金黄色葡萄球菌产生的TSST-1，2例为链球菌产生的致热毒素B和C。因而认为造成黏膜皮肤淋巴结综合征的超抗原反应主要是细菌毒素，特别是TSST-1。

　　黏膜皮肤淋巴结综合征急性期患者血清总补体及C3水平下降免疫复合物检测呈强阳性反应，至恢复期这些变化逐渐复常。采用静脉内滴注大剂量人体丙种球蛋白，可明显减轻血管炎症反应，并能预防冠状动脉扩张的发生。上述现象都支持黏膜皮肤淋巴结综合征的发病机制是某些致病因子所诱发的免疫损害。[1]