在自然生长环境中，明串珠菌细胞呈对或短链状排列；在某些竞争性生长的环境中，细胞排列成较长的链。明串珠菌大多数菌株的最适生长温度在20～30℃之间，异型乳酸发酵，可以进行柠檬酸代谢。
新的明串珠菌属由肠膜明串珠菌和其它7个种组成，包括L. gelidum(冷明串珠菌)、L. carnosum(肉明串珠菌)、L. fallax(欺诈明串珠菌)、L. citreum(嗜柠檬酸明串珠菌)、L. argentinum(阿根廷明串珠菌)、L. pseudomesenteroides(假肠膜明串珠菌)和L. lactis (乳酸明串珠菌)。其中肠膜明串珠菌又包括三个亚种:肠膜明串珠菌肠膜亚种(L. mesenteroides subsp.mesenteroides、肠膜明串珠菌右旋葡聚糖亚种(L.mesenteroides subsp. dextranicum)和肠膜明串珠菌乳脂亚种(L. mesenteroides subsp. cremoris ) 。
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