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双光子共焦显微镜具有许多突出的优点：双光子共焦显微镜可以采用波长比较长的、在生物组织中穿透能力比较强的红外激光作为激发光源，因此可以解决生物组织中深层物质的层析成像问题。由于双光子荧光波长距离发光波长，因此双光子共焦显微镜可以实现暗场成像。双光子可以避免普通成像中的荧光漂白问题和生物细胞的光致毒问题 。双光子跃迁具有很强的激发选择性，有利于对生物组织中一些特殊物质进行成像研究。
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