因为缺乏特征性的临床表现和特异性的实验室诊断指标，该病的早期诊断困难，误诊率较高，需要综合考虑。但早期诊断、及时治疗对病情预后极为重要。
如在临床上患者出现以下几种情况应考虑深部真菌病的可能：伴有各种诱发真菌感染的易感因素；存在呼吸道、消化道、泌尿道临床症状；患者出现新的发热(原体温正常或已经下降)或持续性的发热伴血中白细胞上升；使用多种抗生素治疗效果不佳；高危患者痰液、尿液中发现真菌菌丝；高危患者采取同一标本，如血、尿、痰、分泌物或引流物等，经连续2次以上培养出同一种真菌，或多次涂片查出大量真菌孢子或菌丝。
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