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正置生物显微镜物镜在载物台上面，光源在载物台下面，适合用来看各种切片的标本。而倒置生物显微镜显微镜的物镜在载物台的下面，光源在载物台的上面，适合用培养皿观察细胞培养的情况，也可以看切片，对载玻片的厚度有一定的要求。倒置金相显微镜和正置金相显微镜一样，是观察离物镜比较近的一面，倒置金相显微镜适合看一些比较大的物体，制样要求观察面平整即可。
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