维生素B6群很快地会被转化成辅脢pyridoxal phosphate 与pyridoxamine phosphate，此两种脢与蛋白质的代谢关系很密切，pyridoxal phosphate是下列脢的置换物质：
氨基酸代谢时胺基转移所需，尤其对甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等。
氨基酸代谢时的脱羧基（=COOH）作用所需。
转化含硫氨基酸所需（甲硫氨基、胱氨酸、半胱氨酸等），高胱氨酸是否缺乏维生素B6，要注意。
Methionine→homocyteine + serine（丝氨酸）→pyruvate（焦葡萄糖） + H2S + NH3→TCA cycle（产生能量 + CO2 + H2O）。
甲硫氨酸是提供甲基（methyl group）的重要氨基酸，若无维生素B6存在，此作用不能进行。很多的碳化作用不得进行，如要合成脂肪、胺基酸碳架等。
与色氨酸转化成烟碱酸有关，tryptophan→nicotinic acid，若缺乏维生素B6时，即产生中间代谢物---黄尿酸（xanthurenic acid），此物质会在体内破坏胰脏β细胞，最后导致糖尿病的发生。在临床上，以验尿液中黄尿酸多寡来判断有无维生素B6缺乏症，若黄尿酸含量太多，即表示罹患维生素B6缺乏症。
肝糖转变为葡萄糖所需，有维生素B6的存在，glycogen phosphorylase 可加速肝糖的分解成葡萄糖。
将脂肪酸亚麻油酸（linoleic acid--18C）转化成花生油酸（arachidonic acid--22C）所需，若缺乏此酸，则会造成皮肤龟裂，严重者甚至会因细胞膜变性而引起身体不适。
辅脢-A（co-enzyme A）的合成有关，若缺乏维生素B6，阻碍辅脢-Co-A的合成。辅脢-Co-A组成分中有泛酸、腺嘌呤（adenine）等，是能量产生的相关物质，为acetyl Co-A还原所需，而acetyl Co-A在粒腺体内可直接合成脂肪外，acetyl Co-A亦涉及氨基酸合成及能量产生的生化作用，是一非常重要的物质。
在脑细胞的代谢中，pyridoxine的辅脢对氨基酸的脱羧基作用很重要，故稳定脑细胞的功能，不能缺乏维生素B6。更有甚者，脑细胞所需的相关胺化合物之合成，均需要维生素B6。此类物质如肾上腺素（epinephrine），新肾上腺素（norepinephrine），哆巴胺（dopamine），酪胺（tyramine），血胺素（serotonin-5 hydroxytryptamine）。哆巴胺是新肾上腺素的前驱物质，而血胺素又可合成褪黑激素。此等脑中物质，亦扮演着脑细胞染色体传送作用之功能。
pyridoxine不仅是上述含胺化合物合成的辅脢，同时亦是散播脑细胞抑制物质GABA(gama-amino butyric acid）所需的辅脢。人类睡眠深沉时，GABA含量会升得很高，显示有维生素B6时，GABA提高，人较易入眠深睡。故要让亢奋的脑细胞休息，除用褪黑激素外，还得加上维生素B6始能发挥良好功能。
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