如果细菌培养结果不能确诊，黄质菌肺炎诊断就十分困难。临床上，黄杆菌须与各种革兰阴性杆菌性肺炎鉴别。
铜绿假单胞菌肺炎痰呈草绿色或黄绿色，痰一般不如黄杆菌黏稠且量很大，在细菌培养时铜绿假单胞菌可产生特殊的气味，菌落呈蓝绿、黄绿色。
芳香产碱杆菌所致肺炎有时与芳香黄质菌肺炎相似，应注意区别。前者痰为灰色脓样，临床病情不如黄杆菌类凶险。
在有慢性纤维空洞型肺结核的患者，合并黄杆菌感染时容易误认为结核复发，应注意反复进行痰细菌培养，早日确定感染菌种。
黄质菌肺炎胸腔积液较常见，浆液性或血性胸水也应常规进行细菌培养，阳性检出率很高。黄质菌肺炎易合并败血症和脑膜炎。常规的血培养和脑脊液细菌培养均有助于与其他细菌感染区别。
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