1.痰或支气管分泌物的培养及涂片检得真菌
10%～20%正常人的痰液也可查得此菌，必须区别是寄生菌抑或为致病菌，白色念珠菌在侵入黏膜致病时可形成假菌丝，故痰直接涂片发现念珠菌孢子及假菌丝则有助于诊断。
2.脑脊液中检得真菌
在有脑膜炎临床表现的患者中，取脑脊液作涂片墨汁染色及培养可检出新型隐球菌，在确诊为隐球菌脑膜炎后，应同时检查肺部原发病灶。
3.血培养
特别是在免疫功能低下的患儿，血培养多次获得真菌者有助于播散型隐球菌病的诊断，一般血培养较少获得阳性，如为阳性则提示为严重感染。
4.肺活检
亦有助于确诊，遇危重病例肺部有大块融合病变者，可作肺穿刺，取肺穿刺液作培养及直接涂片，发现病原菌有确诊意义。
5.1，3-β-d葡聚糖抗原（G试验）
1，3-β-d葡聚糖为真菌细胞壁成分，可用于真菌感染的诊断，但接合菌和隐球菌除外，假阳性见于黄疸、输注白蛋白、血液透析、应用抗肿瘤等多糖类药物者。
6.血清半乳糖甘露聚糖（GM）抗原检测
半乳糖甘露聚糖仅存在于曲霉菌细胞壁中，阳性提示侵袭性曲霉感染。
7.皮试和动物试验
真菌抗原皮肤试验血清学检查，动物接种等可协助诊断。
8.聚合酶链反应（PCR）检测
PCR检测真菌高度保守特异性rDNA片段的敏感性比甘露糖测定及乳胶凝集试验都高。
9.其他涂片
尿、粪便、分泌物、胸腔积液、脑脊液、脓液等的涂片、培养、组织检查找到真菌孢子及（或）菌丝是诊断的重要依据。
10.影像学检查
X线检查胸片有点状阴影，可似粟粒性结核，并有大片实变灶，少数有胸腔积液及心包积液，肺部病变主要分布在中、下野，尤以下部为多，一般不侵犯肺尖。急性血行播散性真菌病的X线检查可见粟粒状阴影，弥散性结节状阴影或多发性小脓肿。必要时可作CT、B超、心电图等检查。
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