(1)感染性肠炎：很多感染性肠炎如沙门菌、志贺菌、大肠埃希菌、耶尔森菌、阿米巴原虫和难辨梭状芽孢杆菌所致肠炎表现为急性起病的黏液脓血便、血便，结肠镜下所见及组织学改变，如黏膜血管纹理模糊、紊乱，充血、水肿、易脆、出血、糜烂、溃疡，急性或慢性炎症细胞浸润，与早期或不典型UC相似。因此，UC应与上述疾病相鉴别。
①一般细菌性肠炎：UC与多数细菌性肠炎的主要区别在于症状持续时间。UC所致血便、黏液脓血便常常持续数周至数月不等，而细菌性肠炎的血性腹泻则较短。由沙门菌、志贺菌、弯曲菌感染引起的肠炎虽然症状类似于UC，但血便一般在3～5天后即可得到缓解。耶尔森菌感染性肠炎症状持续14～17天。细菌性肠炎大便培养可阳性。UC与感染性肠炎另外一个重要区别在于病理改变，UC常有隐窝结构的改变，呈不规则扭曲和分叉状，数量减少，黏液分泌缺失及隐窝扩张。
②难辨梭状芽孢杆菌性肠炎：亦称假膜性肠炎，腹泻可持续数周至数月，但该病患儿在发病前多有服用抗生素史，水样便多见，血便少见，大便中可有大小不等的假膜，结肠镜下可见肠壁上附有典型的圆形或椭圆形黄色假膜有助于与UC相鉴别。必要时作难辨梭状芽孢杆菌(CD)毒素测定。
③溶组织阿米巴肠炎：症状持续数周至数月，大便呈暗红色果酱样，重者可为全血便，结肠镜下表现为灶性、出血性溃疡，中央开口下陷，呈烧瓶样，病灶之间黏膜正常。而UC呈弥漫性改变。有条件者应作阿米巴血清学试验。
(2)缺血性结肠炎：发病年龄大，多为老年人，结肠镜下主要表现为水肿、红斑和溃疡形成，病变以结肠脾曲、降结肠和乙状结肠为主，直肠很少受累。
(3)放射性结肠炎：是盆腔或腹部放射治疗后发生的并发症，以累及直肠、乙状结肠多见。放射线对肠管的损伤作用，主要是抑制上皮细胞有丝分裂和引起黏膜下小动脉闭塞性炎症和静脉内膜炎导致肠壁缺血性改变。放疗后出现腹泻，多为黏液血便。结肠镜下可见受累肠段弥漫性充血水肿，并有红斑及颗粒样改变，易脆、糜烂、溃疡；晚期黏液苍白，黏膜下血管异常扩张，肠管狭窄，肠壁增厚。结肠病理改变为炎症细胞浸润和黏膜下小血管炎或毛细血管扩张。
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