从目前研究结果来看，基因印迹的发生主要有以下两种机理：
一方面，研究发现，基因组印迹的分子机理与印迹基因DNA中胞嘧啶甲基化尤其是CpG岛的甲基化密切相关，胞嘧啶甲基化是DNA的一种共价修饰。另外还有特殊的染色质结构和反义转录产物等可能都是基因印迹产生和维持的重要因素。
基因印迹中，卵子和精子中对同一基因的不同程度的甲基化，几乎所有的印迹基因都有一些序列成份在两个不同亲本来源的等位基因中仅有一方是甲基化。这些序列被称为“差异甲基化区域“（Differentially Methylated Regions）。
它指基因组在传递信息的过程中，对基因或DNA片段打下标记或烙印的过程。
另一方面，组蛋白的修饰也被证实参与了基因组印迹（“Genomic imprinting beyond DNA methylation: a role formaternal histones”这篇文章中有详细的阐述）。
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