PSⅡ的功能是利用从光中吸收的能量将水裂解，并将其释放的电子传递给质体醌，同时通过对水的氧化和PQB2-的还原在类囊体膜两侧建立H+质子梯度。
PSⅡ行使功能的前提是吸收光能，PSⅡ将LCHⅡ吸收的光能传递给PSⅡ反应中心，使中心色素产生一个高能电子，并传递给原初电子受体。这一过程产生了带正电荷的供体（P680+）和一个带负电荷的原初电子受体（Pheo-），这一对相反带电性物质的形成非常重要，它们能够引发进一步的反应。因为P680+可以作为氧化剂，接受电子，引发水的光解，导致水氧化释放的电子向PSⅡ的传递； 而Pheo-可以作为还原剂，丢失一个电子，引起电子向质体醌的传递。
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