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原生质体培养形成的愈伤组织转移到分化培养基中，可形成不定芽和不定根或形成胚状体结构后直接发育成植株。由植物器官形成的愈伤组织与由原生质体形成的愈伤组织的植株再生率是不同的。
来自植物器官的愈伤组织常带有已发育的芽或有组织的结构，而这样的结构在起源于原生质体的愈伤组织中是没有的。
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