主要的不良反应为腹痛、恶心、呕吐和腹泻等胃肠道症状，发生率约 9.6%；因不良反应而中止治疗的约0.3%，其次有皮疹等，多数属轻度和中度，不必停药。偶见转氨酶暂时性升高，曾见一过性中性粒细胞减少，但是否与阿奇霉素有关尚未证实。
与红霉素等其他大环内酯类—样，严重的过敏反应如神经血管性水肿和过敏性休克等少见，但仍应注意。用药后应注意耐药菌如真菌引起的二重感染。
中枢和周围神经系统反应为1.3%，其它皮疹等≤ 1%。ALT和AST短暂升高，分别为1.7%和1.5%，少数出现白血球计数异常。副反应发生率不受病人年龄的影响。专项试验表明，本品对神经病学、听力、眼科学等方面未引起异常。
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