复发性多发性软骨炎应与感染性软骨炎、前庭或耳蜗血管炎、喉和气管的炎症性疾病等相鉴别。出现反复发作的巩膜炎或巩膜外层炎、葡萄膜炎时应与椎关节炎（病变）、类风湿性关节炎、Sj?gren综合征、Reiter综合征、类肉瘤病、结节性动脉炎、Behcet病、幼年型慢性关节炎、Cogan综合征、Wegner肉芽肿等所伴发的巩膜炎、巩膜外层炎或葡萄膜炎相鉴别。
复发性多发性软骨炎患者中约25%合并有胶原血管病，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、Behcet病、Sj?gren综合征、混合结缔组织病，在诊断和鉴别诊断时应注意它们之间的重叠。
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