新生儿眼炎早期经适当的治疗，一般不会发生并发症，但可见到慢性持续性病例，反复发作可有瘢痕形成，导致视力丧失。衣原体对红霉素类敏感，在无法排除支原体或军团菌感染时可选用红霉素。
1.衣原体结膜炎和肺炎均首选红霉素，分3次口服，共用14天。口服困难或重症可静脉用药。全身用药可肃清鼻咽部衣原体，眼泪中的红霉素也可达有效浓度。
2.衣原体结膜炎可局部用0.1%利福平或0.3%诺氟沙星或10%磺胺醋酰钠眼药水滴眼，每日4次，也可用0.5%红霉素眼膏，共2周。局部用药不可肃清鼻咽部衣原体。
3.阿奇霉素比红霉素吸收好，共服3天。
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