胆总管囊肿-空肠Roux-en-Y式吻合术术后做如下处理：
1.术后禁食、胃肠减压、静脉补液，应用抗生素预防感染。
2.如有外引流，应接无菌袋。每日记录引流的胆汁量、色、性质及有无浑浊等。如果怀疑有感染时，要及时做细菌培养，并选用敏感的抗生素。
3.术后如体温正常、无黄疸，引流的胆汁逐渐减少，术后3周可夹管，如无症状即可拔除。拔管前先开放造口管，如有大量胆汁流出，说明远端有梗阻，应停止拔管，行逆行胆管造影，确定胆管是否通畅，据实际情况拔管或推迟拔管。
4.外引流丢失胆汁多时，应及时补充电解质防止发生电解质紊乱。
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