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DNA被蛋白质结合后，由于蛋白质的构象保护，DNaseI不能降解这一结合位点，如果对该DNA进行一端的末端标记，并控制好DNaseI的酶量和作用时间，可将该DNA切割成大小不等的DNA片断而蛋白质保护区域不被酶解，这段区域到标记末端的片断是缺失的，对其电泳，可找出蛋白质结合位点的精确位置。
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