毛细管电泳具备如下优点:
(1)高效塔板数目在105-106 片/m 间,当采用CGE 时,塔板数目可达107 片/m 以上;
(2)快速一般在十几分钟内完成分离;
(3)微量进样所需的样品体积为nL 级;
(4)多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器;
(5)经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液,维持费用很低;
(6)自动CE 是目前自动化程度较高的分离方法。
毛细管电泳的缺点是:
(1) 由于进样量少,因而制备能力差;
(2) 由于毛细管直径小,使光路太短,用一些检测方法(如紫外吸收光谱法)时,灵敏度较低;
(3)电渗会因样品组成而变化,进而影响分离重现性。