分为显微镜下操作和解剖镜下操作两类。
显微镜下操作的设备：包括配有倒相和长焦距物镜的显微镜、显微操作器、显微工具制作器、自动拉针器、磨针器等。常用的显微操作器有3种：机械推动式显微操作器、滑动式显微操作器和液压式显微操作器。拉针器也有许多种，如垂直重力式电动拉针器、水平弹簧式拉针器和电磁式拉针器等。显微工具制作器是用来制备微针、微吸管、微刀、微钩等显微工具的，它由可调电热丝和除去镜台的解剖镜等组合而成，适于针尖的加工。
解剖镜下操作的设备：这里所用设备的精密度没有显微镜下使用的高，可根据研究对象及研究目的自行设计。例如中国科学院发育生物学研究所设计的解剖镜用显微操作器适用于两栖类和鱼类等卵子的细胞核移植和核酸或基因的卵内显微注射等工作。
显微操作用仪器应根据具体的实验材料和实验目的及现有设备来选择，并注意仪器间的配套。
有些在解剖镜下的实验操作不需要特殊的显微操作装置，可直接用双手持显微工具进行。如手持玻璃针在解剖镜下分离动物胚胎的卵裂球、分离胚胎组织及进行组织块移植等。
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