病因复杂多样，常见病因有：
1．感染
以病毒感染为主，包括嗜肝病毒及嗜肝病毒以外的其他病毒。嗜肝病毒以乙型肝炎病毒常见，其次为丙型肝炎（二者常因母婴传播感染）、甲型肝炎、丁型肝炎、戊型肝炎、庚型肝炎等。其他病毒最常见为巨细胞病毒，其次为EB病毒、风疹病毒、单纯疱疹病毒、肠道病毒包括肠道病毒71型、肠腺病毒、人类免疫缺陷病毒等。其他感染因素包括：细菌和弓型虫、先天性梅毒等。
2．先天性遗传、代谢缺陷
希特林蛋白缺陷症、a1抗胰蛋白酶缺乏症、半乳糖血症、酪氨酸血症、遗传性果糖不耐受症、肝糖原累积病、先天性甲状腺功能低下、先天性垂体功能低下、先天性肾上腺皮质功能低下及脂质代谢性疾病、溶酶体病、囊性纤维化、先天性胆汁酸代谢障碍、进行性家族性肝内淤胆、尼曼匹克病、高雪病（婴儿型）等。
3．肝内外胆管结构异常
先天性肝外胆道闭锁、Alagille综合征、先天性肝内胆管扩张畸形、原发性胆汁性肝硬化、新生儿硬化性胆管炎和胆汁黏稠症等。
4其他
血色病、朗格罕斯细胞组织细胞增生症、噬血细胞综合征、自身免疫性肝病等。
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