诊断
小肠细菌过度生长的诊断主要依靠小肠内容物培养或呼气试验，任何缓慢发生的腹泻，脂肪泻、体重减轻、大细胞性贫血患者，尤其是老年人或有腹部手术史的患者在鉴别诊断时要考虑小肠细菌过度生长。X线胃肠造影示憩室、盲襻、瘘管等解剖或功能异常，纤维小肠镜和活检对病因诊断有一定帮助。[2]
1.抗生素引起的菌群失调。
2.胃窦切除后促胃液素（胃泌素）缺乏。
3.次全或全胃切除后内因子缺乏。
4.短肠综合征。
5.原发性小肠吸收不良综合征。
任何缓慢发生的腹泻，脂肪泻，体重减轻、大细胞性贫血患者，尤其是老年人或有腹部手术史的患者在鉴别诊断时要考虑小肠细菌过度生长。
实验室检查
贫血可为大细胞性或低血红蛋白性小细胞贫血，维生素B12吸收试验异常，用内因子不能纠正，血清铁、维生素、叶酸浓度降低，血清白蛋白、钠，钾、钙，磷，镁，胆固醇，三酰甘油等也有不同程度降低，凝血酶原活性亦降低，粪脂增高。
1.小肠内容物细菌培养小肠内容物的采集应按多位点抽取，具体方法较多，腹部手术时直视下行小肠穿刺取液最准确，但实用价值不大，国内最常采用的是经内镜插管或小肠导管抽取小肠液，该方法相对可靠，污染率低，检查前必须至少停用抗生素1周，至少空腹8h，标本应避免被唾液污染或稀释，标本必须在无氧条件下取得，倍比稀释后，接种于数个培养基在厌氧条件下进行培养，可出现不同数目的拟杆菌、厌氧的乳酸杆菌、大肠埃希杆菌和肠球菌，细菌总数超过105/ml被认为有临床意义，常作为其他检查如呼气试验的对照标准。此项检查操作较复杂，而且费时，襻内的细菌过度生长可能出现漏诊，此外对远段小肠的内容物提取也很困难。
2.尿蓝母测定尿蓝母是肠道细菌分解色氨酸的产物，吸收后由尿中排出，正常人阴性或呈淡蓝色，颜色加深提示细菌生长过度，操作简单但敏感性特异性均差，现已很少应用。
3.空肠脂肪酸和空肠胆酸的测定
有较好的诊断价值，但获取标本和测定技术困难和复杂。
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