分辨率（Resolution）是指质谱仪区分两个质量相近的离子的能力 。
计算公式： R=m/∆m
计算方法有两种：
分辨率越高，同一物质采集的分子量的峰的精细程度越大，准确度越高。
但是，分辨率设置越高，扫描所需的时间越长。所以，要同时兼顾分辨率和扫描速度。
一般大规模组学数据， Thermo公司的orbitrap系列仪器，一般一级分辨率设置在70000左右，能够精确分辨小数点后两位。
准确度(accuracy)指离子测量的准确性。一般用真实值和测量值之间的误差来评价，单位ppm (part per million)。主要取决于质量分析器的性能和分辨率的设置。
灵敏度（sensitivity）是指检测器对一定样品量的信号响应值，即最少样品量的检出程度。
一般对于纯的标准物质而言，灵敏度可达到fmol级别。
但是， 高的灵敏度不一定能检测到目标蛋白 ，一是样品本身信息量大，DDA模式中只有信号响应高的物质才能检测到；二是肽段离子化才能采集数据，离子化效率低，可能在传输过滤中过滤掉。
ppm ，即百万分之一，如果质谱检测极限在1ppm，就表示能检测含量在百万分之一的物质。
Da ，指原子质量单位，如 C 就是12Da。mDa，一般在高分辨质谱仪上有这个参数，表示质谱的分辨率。
质量测量准确度
质量测量准确度是质谱定性的重要依据。其表示方法如下：
（｜M－M0｜÷m）×10^6（ppm）
公式中，M为离子质量的实测值；M0为离子质量的理论值；m为离子的质量数。例如，某化合物分子离子实测值为364.2504，理论值为364.2509，质量测量准确度为： ｜364.2504 - 364.2509｜÷ 364×10^6＝1.4 ppm
有时质量测量准确度也以mmu（毫质量单位）表示，表示式为 ｜M - M0｜(mmu)
对于高分辨率质谱通常要求仪器的质量测量准确度小于1mmu（或10 ppm），才能满足定性分析的需要。
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