1、感染性腹泻病：
（1）水样便腹泻（约占705）多为病毒或产毒素性细菌感染，一般不用抗生素。
（2）如伴有明显中毒症状不能用脱水解释者选用抗生素治疗。
（3）粘液脓血便患者（约占30%）多为侵袭性细菌感染，可选用口服庆大霉素，多粘菌素E，黄连素，氯霉素，痢特灵，复方新诺明，丁胺卡那霉素，小儿慎用氟哌酸。
（4）伪膜性肠炎为难辨梭状芽胞杆菌，应立即停用已用抗生素，选灭滴灵，万古霉素，利福平等口服。霉菌性肠炎首先停用抗生素，采用制霉菌素，酮康唑或克霉唑口服。
（5）阿米巴痢疾及兰氏贾第鞭毛虫肠炎采用灭滴灵口服。
（6）隐胞子虫肠炎采用大蒜素口服。
2、对迁延性或慢性腹泻病患者，抗生素仅适用于分离出特异病原的病例，并要根据药物敏感试验结果选择药物。
3、微生态疗法：目的在于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抵御病原菌定殖侵袭，有利于控制腹泻，可选用促菌生，回春生，增菲康，乐托尔等。
4、补充微量元素与维生素：锌、铁、维生素PP，A，B12和叶酸，有助于肠粘膜的修复。
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