血液检查：可见白细胞计数增高，红细胞及血红蛋白降低，与失血、骨髓抑制及铁、叶酸和维生素B12等吸收减少有关。血细胞比容下降，血沉增快。黏蛋白增加、白蛋白降低。血清钾、钠、钙、镁等可下降。
粪便检查：可见红、白细胞，隐血试验呈阳性。
肠吸收功能试验：因小肠病变作广泛肠切除或伴有吸收不良者，可作肠吸收功能试验，以进一步了解小肠功能。
结肠镜检查：是诊断克罗恩病最敏感的检查方法。主要风险为肠穿孔和出血。
钡剂灌肠检查：钡影呈跳跃征象。用于不宜做结肠镜检查者。
X线小肠造影：通过观察小肠的病变，确定肠腔狭窄部位。
CT检查：可同时观察整个肠道及其周围组织的病变，对于腹腔脓肿等并发症有重要的诊断价值。
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