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2014年12月12日，南水北调中线工程正式开通以来，有效缓解了京津冀等地水资源严重短缺的矛盾，为京津冀等地经济社会可持续发展提供了水资源保障。秦岭陕西段是南水北调工程的主要水源涵养区，丹江口水库约70-75%的水资源来自秦岭汉丹江流域。为了确保“一泓清水永续北上”，陕南的商洛、安康和汉中人民为秦岭生态环境保护做出了巨大贡献和牺牲。陕南三市相继关闭了沿江的中小企业，例如，安康全市累计关停企业500余家、直接减少产值400多亿元。
陕南三市人民牢记总书记嘱托，努力做好秦岭生态卫士，扛起保护秦岭的政治责任，确保出境水资源长期保持在II类水质。但是，陕南三市也肩负着沉重的历史遗留的污染治理任务。又如，单就安康蒿坪河流域历史遗留矿山污染治理和生态修复问题，初步测算投资12.6亿元，然而安康获得中省生态补偿资金仅10多亿元。诸如此类问题，商洛和汉中亦是如此，财政支付捉襟见肘。为此，全国政协委员、中国科学院西安分院、陕西省科学院副院长陈怡平建议：
一是建议加大对秦岭三市生态补偿支持力度。由于陕南经济发展相对落后，陕南地区污水处理设施及管网建设缓慢、尾矿库生态与环境隐患较大，一定程度上威胁着南水北调中线水质安全。建议财政部、国家发展改革委、生态环境部、水利部等部委，加大对陕南三市生态补偿支持力度，为长期水源保护提供合理的补偿力度，让生态环保保护牺牲者得到应有回馈，也让历史遗留的环境治理资金有所保障，为“一江清水永续北上”提供财政保障。
二是建议农业农村部加大对秦岭区域的农业发展支持力度。汉丹江均发端于秦岭陕西段，因此秦岭是南水北调中线工程的主要水源涵养区。目前对于汉江丹江水质威胁最大的是农业面源污染，个别时段氮磷浓度严重超标。为此，建议农业农村部加大对商洛，安康和汉中三市农业的支持力度，建设高标准农田，实施精准农业和现代化农业，从源头减少氮磷面源污染，确保南水北调的水质安全。
三是建议生态环境部和科技部积极支持秦岭生态保护科技平台建设。秦岭生态保护亟待科技支撑，例如，如何优化秦岭植被结构和功能？目前有600万亩受松树线虫危害林地，如何科学防控松材线虫危害问题？未来其他外来物种危害又如何防控？野生动物保护多少是个“度”，是否多多益善？如何科学界定野生动物保护的生态阈值？如何科学破解生态保护与乡村振兴的矛盾？秦岭历史遗留尾矿治理如何合理处置？等等问题都需要科技长期支撑。南水北调是长久的重大战略性工程，秦岭是这一重大工程的“心肺”，没“心”没“肺”，南水北调工程岂不成为“无本之木”。为此，建议生态环境部在西安建立“秦岭生态环境研究所”，科技部配套布局“秦岭生态安全全国实验室”，二者形成组合拳，为秦岭生态安全和一泓清水永续北上提供长期的科技支撑。
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