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选择基因（又称选择标记基因），主要是一类编码可使抗生素或除草剂失活的蛋白酶基因，这种基因在执行其选择功能时，通常存在检测慢（蛋白酶作用需要时间）、依赖外界筛选压力（如抗生素、除草剂）等缺陷。而报告基因则是指其编码产物能够被快速测定、且不依赖于外界压力的一类基因。
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