多西环素可沉积在牙齿和骨骼中，致牙齿产生不同程度的变色黄染、牙釉质发育不良及龋齿，并可致骨发育不良。
肝脏损害：大剂量服用多西环素可引起肝脏损害，通常为肝脂肪变性。原有肝功能不全者、妊娠后期妇女更易发生。
胃肠道：厌食、恶心、呕吐、腹泻、舌炎、吞咽困难、小肠结肠炎以及肛门和生殖器的炎性损伤（念珠菌过度生长）。口服或注射给药的四环素类药物都会导致该类反应的发生。
皮肤：斑疹、斑丘疹、红斑。偶见剥脱性皮炎。光敏性皮炎。
肾毒性：BUN的升高已有报道，并有明显的剂量依赖性。
超敏反应：风疹、血管神经性水肿、过敏反应、过敏性紫癜、心包炎和红斑狼疮症状加重。
婴儿囟门突出和成人良性颅内高压的现象已有报道。这种反应在停药后会很快消失。
血液：溶血性贫血、血小板减少症、中性白细胞减少症已见报道。
长期用药可使人体内正常菌群减少，导致维生素缺乏、真菌繁殖、出现口干、咽痛、口角炎、舌炎、舌苔色暗或变色等症状。
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