合成肽疫苗能克服常规疫苗的缺点，很早就被认为是动物传染病预防用的终极疫苗。然而多年的研究结果表明，合成肽疫苗免疫动物后所起的免疫保护作用并没有象人们当初设想的那样理想，同时证明了构建的合成肽疫苗的抗原性及其免疫原性要受到其自身组成及宿主免疫系统等多种因素的影响。
在诱导机体产生免疫的过程中，单一的中和抗原表位是远远不够的，增加中和抗原表位的数目和引入细胞抗原表位将起到必不可少的辅助协同作用。若想提高合成肽疫苗的免疫效果，在搞清合成肽疫苗的免疫机理并在如何利用有限的抗原表位诱导强有力的免疫保护作用等方面需要做进一步深入地研究。
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