艾滋病病毒的基因组是两条相同的正链RNA，全长约9.7千碱基对（kb），包裹在一个病毒蛋白壳内，核衣壳外周是来源于宿主细胞膜的磷酸脂质双层，也包括病毒编码的膜蛋白 [13-14] 。
艾滋病病毒基因组两端长末端重复序列发挥着调节病毒基因整合、表达和病毒复制的作用。基因组含有3个结构基因gag、pol和env，2个调节基因（tat反式激活因子、rev毒粒蛋白表达调节因子），4个辅助基因（nef负调控因子、vpr病毒蛋白r、vpu病毒蛋白和vif病毒感染因子）。其中gag基因序列编码核壳蛋白；env基因序列编码病毒感染细胞所必须的两种糖蛋白，即包膜糖蛋白gp120和gp41；pol基因序列编码病毒复制所必须的酶，即逆转录酶、结合酶和病毒蛋白酶 [10] 。
由于反转录酶无校正功能，出现随机变异，病毒体内复制频率高，病毒DNA与宿主DNA间存在基因重组，会出现耐药性。这使得艾滋病病毒成为一种变异性很强的病毒。其各部分基因变异强度不同，其中env基因最容易发生变异。
HIV-2和HIV-1核苷酸序列差异较大，仅有40%～50%相同。但是二者的基因结构基本相同，只是HIV-2没有vpu基因，而存在vpx基因。
我国人类免疫缺陷病毒的主要流行株为HIV-1，目前已发现10种亚型，流行的主要亚型是AE重组型和BC重组型 [11] 。
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