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肉苁蓉喜生于轻度盐渍化的松软沙地上，一般生长在沙地或半固定沙丘、干涸老河床、湖盆低地等，生境条件很差。适宜生长区的气候干旱，降雨量少，蒸发量大，日照时数长，昼夜温差大。土壤以灰棕漠土、棕漠土为主。寄主梭梭为强旱生植物。肉苁蓉多寄生在其30-100厘米深的侧根上。生于海拔225-1150m的荒漠中，寄生在藜科植物梭梭、白梭梭等植物的根上。
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