睡莲的叶呈圆形或近圆形，或卵圆形，而有些品种呈披针形或箭形；叶全缘，但热带睡莲的叶缘呈波纹状；叶正面绿色，光亮，背面紫红色，某些品种的页面有暗褐色斑点或斑驳色； 叶脉明显或不太明显。而热带睡莲中少数品种的叶片在大缺裂顶端处与叶柄着生点之间，长出小植株，称之“胎生”。
睡莲的花朵由萼片、花瓣、雌雄蕊、花柱、心皮、花柄等器官所组成。花单生，为两性。其 萼片4~5枚，呈绿色或紫红色，或绿中带黑点，形状有披针形、窄卵形，或者矩圆形。 花蕾呈长桃形、桃形； 花瓣通常有卵形、宽卵形、矩圆形、长圆形、倒卵形、宽披针形等，瓣端稍尖，或略钝。花色有红、粉红、蓝、紫、白等。花瓣有单瓣、多瓣、重瓣。因而花瓣的大小、形状、颜色均因品种而异。从此构成了绚丽的花态。 子房上位至周位，花开前雄蕊裹住心皮上方，成熟后则张开成镰刀状；萼片、花瓣、雄蕊在花托与子房壁的上方呈螺旋排列。心皮则成环状排列包埋于花托之内且呈合生状态，上部花柱分离、柱头丝状、以乳状突出物为中心，呈漏斗状，成熟时分泌出柱头物，而柱头物主要含葡萄糖、果糖及氨基酸，以吸引昆虫授粉。
睡莲的果实呈卵形至半球形，在水中成熟，不整齐开裂；种子小，椭圆形或球形； 多数具 假种皮。
睡莲是多年生浮叶型水生草本植物，根状茎肥厚，直立或匍匐。叶二型，浮水叶浮生于水面，圆形、椭圆形或卵形[2]，先端钝圆，基部深裂成马蹄形或心脏形，叶缘波状全缘或有齿；沉水叶薄膜质，柔弱。花单生，花有大小与颜色之分，浮水或挺水开花；萼片4 枚，花瓣、雄蕊多。果实为浆果绵质，在水中成熟，不规律开裂；种子坚硬深绿或黑褐色为胶质包裹，有假种皮。品种不同其形态特征不同。
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