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(1)用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。
(2)防止非特异性的RNA的结合。
(3)免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。
(4)结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。