影响柱效的因素如下：
1、凝胶本身性质：
每一种凝胶均有其合适的分离范围，应选择合适的凝胶进行分离。同样分离范围的凝胶颗粒越细的，柱效越高。
2、色谱柱装填的好坏：
凝胶过滤色谱柱装填完后，一般可以用丙酮（或NaCl）测定柱效和峰对称性，一般对于平均颗粒直径在30~34微米的Superose PG、Superdex PG系列凝胶，柱效应在9000以上，而颗粒平均直径在90微米的Sepharose FF凝胶柱效应在3000以上。通常，越是分辨率高的细颗粒凝胶对于装柱的技术要求越高。
柱效：
柱效简而言之就是色谱柱对色谱中两种物质分离能力的大小。柱效越高，分离效果越好，峰形越好，反之则分离效果差，峰形差，甚至不能完全分开两个物质。色谱柱的柱效和填料、柱长、柱内径均有关系，一般来说，填料越细密、柱长径比越大，柱效越高。
在HPLC中，柱效一般出厂后就基本固定，随着使用过程的损耗而柱效降低。人工填柱的色谱柱，因为每次装柱时所用的溶液、填料量都不尽相同，因此柱效也会有变化。测柱效主要是看柱是否具有良好的分离效果。柱效的衡量用塔板数表示。
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