有四个主要的色谱柱参数需要考虑：固定相、内径、柱长和液膜厚度。
1. 选择合适的固定相 — 这一关键的决定主要基于选择性、极性和苯基含量等因素。如果不确定要使用哪种固定相也无任何相关信息，可从 DB-1 或 DB-5 开始。低流失的 ("ms") 色谱柱通常惰性较强，并且温度上限较高。超高惰性 1ms、5ms 和 35ms 色谱柱具有最低的柱流失和最高的柱惰性，可用于分离广泛分析物，包括活性化合物和痕量样品。使用极性最弱的固定相能提供满意的分离度和分析时间。非极性固定相与极性固定相相比具有更长的柱寿命。使用极性与溶质的极性类似的固定相。这一方法很有效，但是，最好的固定相不总是使用此项技术才发现的。如果具有不同偶极作用或氢键力的混合物分离较差，换用具有不同偶极（不一定要更大）或氢键相互作用的固定相。一旦改变固定相，可能会出现其它共流出物，因而新的固定相不一定能提供更好的总分离度。如果可能，避免使用含有与选择性检测器产生高响应官能团的固定相。DB-1 或 DB-5、DB-1701、DB-17 和 DB-WAX 以最少数量的色谱柱能覆盖最大范围的选择性。PLOT 柱用于在高于室温的柱温下分析气体样品。
2. 了解色谱柱直径如何影响诸如柱效、溶质保留值、柱头压力和载气流速等参数。当需要较高柱效时，使用 0.15、0.18 或 0.25 mm 内径的色谱柱。内径较小的色谱柱具有的柱容量最小，并需要最高的柱头压。
2. 当需要较高的样品容量时，使用 0.32 mm 内径的色谱柱。与 0.25 mm 内径的色谱柱相比，它们对于不分流进样或大体积 (>2 μL) 进样时早流出的溶质有更佳的分离度。只有在仪器配备大口径直接进样器并需要较高的柱效时，才使用 0.45 mm 内径的色谱柱。特别适用于高载气流速的情况，比如吹扫-捕集、顶空进样器和阀进样的应用。只有配备大口径直接进样器时，才使用 0.53 mm 内径的色谱柱。特别适用于高载气流速的条件，比如吹扫-捕集和顶空进样器。0.53 mm 内径色谱柱在恒定的膜厚情况下具有最高的样品容量。
3. 确定多长的柱长会影响溶质保留值、色谱柱柱头压力、色谱柱流失 — 以及成本。如果不知道最佳长度，请先使用 25-30 米长的色谱柱。10-15 米的色谱柱十分适用于分离含有很容易分离的溶质的样品或含溶质较少的样品。内径很小
的色谱柱通常采用较短的长度以降低柱头压。如果通过其它方法（较小内径、不同的固定相、改变柱温）不能达到满意的分离度时，应使用50-60 米长的色谱柱。这种色谱柱适合分离含有很多组分的复杂样品。长的色谱柱的分析时间较长、费用较高。
4. 从柱容量、惰性、流失和温度上限出发，正确评估薄、厚液膜色谱柱的不同。对于 0.18-0.32 mm 内径的色谱柱，其平均或标准（即，不厚也不薄）膜厚为 0.18- 0.25 μm，可用于大多数分析对于 0.45-0.53 mm 内径的色谱柱，其平均或标准（即，不厚也不薄）膜厚为 0.8- 1.5 μm，可用于大多数分析。厚液膜色谱柱用于保留和分离挥发性溶质（如轻质溶剂、气体）。厚液膜色谱柱惰性更好，柱容量更大。厚液膜色谱柱表现出较高的柱流失，降低了使用温度上限。薄液膜色谱柱用于降低高沸点、高分子量溶质的保留 (如类固醇、甘油三酯)。薄液膜色谱柱惰性较低，具有较低的柱容量和柱流失
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