含麝香酮、降麝香酮、麝香醇、麝香吡喃、麝香吡啶、羟基麝香吡啶-A、羟基麝香吡啶-B、3-甲基环十三酮、环十四烷酮等。亦含胆甾-4-烯-3-酮、胆甾醇和它的酯类、睾丸酮、雌乙醇、5α-雄烷-3，17-二酮等11种雄烷衍生物。尚含蛋白质与氨基酸， 麝香中含蛋白质约 25%．麝香中发现一种分子量为1000左右的肽类活性物质，并分离出一种分子量约5000～6000的多肽， 其醇溶物中含4种游离氨基酸，即精氨酸， 脯氨酸、甘氨酸和丙氨酸．将醇溶物用丙酮、甲醇和水提取，水解后的氨基酸分析表明： 甲醇提取物中氨基酸含量最高，其中以天门冬氨酸、丝氨酸、胱氨酸等含量最高；丙酮提取物中谷氨酸、缬氨酸、组氨酸和甘氨酸较高。
此外，麝香中还含钾、钠、钙、镁、铝、铅、氯、硫酸盐、磷酸盐和碳酸铵以及尿囊素、尿素、纤维素等。
麝香酮为重要的有效成分，其含量占天然麝香肉中的1.58%～1.84%,占天然麝香毛壳中的0.90%～3.08%，已经能够人工合成。
林麝麝香
含有麝午酮，麝午吡啶，雄性激素，胆甾醇及胆甾醇酯等。
马麝麝香
含胆甾醇和胆甾醇酯。
原麝麝香
主要含有麝香酮，麝香吡啶，羟基麝香吡啶A，羟基麝香吡啶B等大分子环酮。另含5α-雄甾烷-3，17-二酮，5β-雄甾烷-3，17-二酮，3α-羟基-5α-雄甾烷-17-酮，3β-羟基-雄甾-5-烯-17-酮，3α-羟基-5α-雄甾烷-17-酮，雄甾-4-烯-3，17-二酮，雄甾-4，6-二烯-3，17-二酮，5β-雄甾烷-3α-17β-二醇，3α-羟基-雄甾-4-烯-17β-酮等10余种雄甾熔解衍生物；麝香中的脂肪酸同胆甾醇、甘油和其他脂肪醇结合成酯和蜡，已确认的有：甘油二棕榈酸油酸酯、甘油棕榈二油酸酯、甘油三油酸酯，棕榈酸甲酯、油酸甲酯等；形成蜡的几乎都是支链结构有C20到C34的醇；此外麝香中还含有多肽一种分子量为1000的多肽，另有一种相对分子质量为5000～6000的多肽，其水解后检出15种氨基酸，主要有革氨酸，丝氨酸，谷氨酸，缬氨酸和天冬氨酸等，以及纤维素，胆酸，胆甾醇，胆甾醇酯等。
此外，麝香还含有一种β-肾上腺素能增强物质。已定下结构有有麝香酯A1。
喜马拉雅麝麝香
囊中的干燥分泌物含有麝香酮，降麝香酮等多种大分子环酮。还含有雄甾烷的衍生物：5α-雄甾熔-3,17-二酮、5β-雄甾熔解-3,17-二酮、3α-羟基-5α-难甾烷-17-酮、3α-羟基-5β-雄甾烷-17-酮、3β-羟基雄甾-5-烯-17-酮、雄甾-3,4,17-三酮、5α-雄甾烷-3β,17α-二醇、5β-雄甾迷-3α,17β-二醇,雄甾-4,6-二烯-3,17-二酮等。此外，还含有胆甾醇，胆甾烷醇，胆甾-4-烯-3-酮，蛋白质，氨基酸，卵磷脂，脂肪，尿素等。
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