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奥美拉唑在小肠吸收，通常在3-6小时内被完全吸收。
反复给药后的生物利用度约为60%，同时摄入食物对其生物利用度无影响，奥美拉唑的血浆蛋白结合率为95%。
奥美拉唑主要是在肝内完全代谢，其代谢产物是砜、硫化物和羟基奥美拉唑，这些产物对胃酸分泌无明显作用，奥美拉唑血浆浓度，时间曲线的消除相的平均半衰期大约为40分钟(30-90分钟)，并且在治疗期间无变化，大约80%的代谢物从尿中排出，其余从粪便排出。
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