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蛋白酶按水解底物的部位可分为内肽酶以及外肽酶,前者水解蛋白质中间部分的肽键,后者则自蛋白质的氨基或羧基末端逐步降解氨基酸残基。蛋白酶是水解蛋白质肽链的一类酶的总称。按其水解多肽的方式,可以将其分为内肽酶和外肽酶两类。内肽酶将蛋白质分子内部切断,形成分子量较小的䏡和胨。外肽酶从蛋白质分子的游离氨基(氨苦肽酶)或羧基的末端逐个将肽键水解(羧苦肽酶),而游离出氨基酸。催化蛋白质水解的酶类种类很多,如胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。