依诺肝素钠为低分子量肝素制剂，可使抗凝血因子Ⅹa与Ⅱa活力的比值大于4，从而发挥很强的抗血栓形成功能和一定的溶血栓作用。推荐剂量下总的凝血指标无明显变化，血小板聚集时间及与纤维蛋白原的结合也无变化。尽管低分子量肝素（LMWH）适用于所有分子量小于8000 Da的肝素片段，但每一片段的效应仍取决于分子量。体外将依诺肝素钠（分子量为4000～6000 Da）和未分离肝素进行对比的研究显示，根据各自的分子量，与未分离肝素的作用相比较，依诺肝素钠对凝血酶的抑制作用降低约5倍。体内研究也显示皮下应用肝素，激活的部分凝血活酶时间（APTT）显著长于皮下应用依诺肝素钠。
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