临床试验中依非韦伦有良好的耐受性。依非韦伦已在超过9000名患者中得到验证。在与蛋白酶抑制剂和/或核苷类逆转录酶抑制剂联合用药的临床对照试验中，1008名患者每天服用600mg本品，在至少5%的患者中最常报道的与治疗有关的，至少为中重度不良事件的是皮疹（11.6%）、头晕眼花（8.5%），恶心（8.0%），头痛（5.7%）和乏力（5.5%）。对照组中恶心的发生率更高。与本品有关的最值得注意的不良事件为皮疹和神经系统症状（见注意事项）。
临床试验中其他一些较少发生的与治疗相关的不良事件包括：过敏反应、协调异常、共济失调、混乱、昏迷、眩晕、呕吐、腹泻、肝炎、注意力不集中、失眠、焦虑、多梦、困倦、抑郁、思维异常、兴奋、健忘、精神错乱、情绪不稳定、欣快、幻觉和精神症状。
另外一些上市后监测报道的不良事件包括：神经衰弱、妄想症、惊厥、搔痒症、腹痛、视力模糊、男子乳房发育和肝功能衰竭。
除了皮疹的发生率较高及程度较为严重外，儿童中其余不良反应的类型和发生率基本上与成人相似。
皮疹：临床试验中，接受600mg本品治疗的患者有26%发生皮疹（其中18%被认为与治疗有关），而对照组中患者皮疹的发生率为17%。接受本品治疗的患者发生严重的皮疹不超过1%，同时1.7%的患者因皮疹而中断治疗。多形性红斑或Stevens-Johnson综合怔的发生率为0.14%。
接受依非韦伦治疗的57名儿童中有26名儿童（46%）出现皮疹，其中3名儿童（5%）出现严重的皮疹。可考虑儿童开始依非韦伦治疗前可适当预防性应用抗组胺药。
皮疹通常是轻至中度的斑丘疹性皮疹，发生于开始本品治疗的头两周。大多数患者的皮疹随着本品的继续治疗会在一个月内消退。对于因皮疹而中断治疗的患者可重新开始服用本品。重新服用本品时，建议使用适当的抗组胺药和/或皮质激素类药物（见注意事项）。
本品用于中断了NNRTI类其他抗逆转录病毒药治疗患者的临床经验很有限。19名因皮疹而中断奈韦拉平治疗的患者已接受本品治疗。这些患者中9人在服用本品时发生轻至中度皮疹，2人因皮疹而停药。
精神症状：接受依非韦伦治疗的患者中有严重的精神不良事件的报道。在一项对照研究中，1008名患者接受了平均1.6年包含依非韦伦方案的治疗，而对照组635人接受了平均1.3年的对照剂治疗。依非韦伦组和对照组明确的严重精神事件的发生率分别为：严重抑郁（1.6%，0.6%），自杀倾向（0.6%，0.3%）、非致命的自杀企图（0.4%，0%）、攻击性行为（0.4%，0.3%）、偏执状态（0.4%，0.3%）和躁（0.1%，0%）。既往有精神疾患的患者似乎有更高的危险性产生上述精神症状，躁狂的发生率升高到0.3%，严重抑郁和自杀倾向的发生率升高到2.0%。个别上市后报道有自杀身亡、错觉和神经质行为，但是尚不能肯定这些报道与依非韦伦相关。
神经系统症状：临床试验中，每天服用800mg本品的患者，常报道的神经系统症状包括但不仅限于：眩晕、失眠、困倦、注意力降低、及多梦。在600mg本品与其他抗逆转录病毒药合用的对照临床试验中 19.4%的患者出现中度至重度神经系统症状（其中2.0%为重度症状），相比之下，服用对照药物的患者有9%出现神经系统症状（其中1.3%为重度症状）。临床试验中，2.1%用600mg本品治疗的患者由于神经系统症状而中止治疗。
神经系统症状通常开始于治疗的头一或两天并且在头2-4周后基本消除。在一项临床研究中，发生至少中度以上神经系统症状的时间一般在4至48周，发生在5%-9%的接受依非韦伦治疗的患者及3%-5%的对照组中。在一项未受感染志愿者的研究中，代表性神经系统症状发作的中位时间为服药后1小时而中位持续期为3小时。临睡时服药可改善这些症状的耐受性，并且建议在治疗的第一周以及持续出现这些症状的患者临睡时服药（见用法用量）。降低剂量或分次服用每天剂量并未能带来益处，因此不建议这样用药。
实验室检测发现
实验室化验指标异常
肝酶：1008名接受600mg依非韦伦治疗的患者中有3%AST和ALT升高到正常上限的5倍以上。对照组中也有类似的肝酶升高。接受600mg依非韦伦治疗的患者中有156名乙型肝炎和/或丙型肝炎的血清标志阳性，7%患者的AST以及8%者的ALT升高到正常上限的5倍以上。对照组的患者中有91名乙型肝炎和/或丙型肝炎的血清标志阳性，5%患者的AST以及4%患者的ALT升高到上述水平。所有接受600mg依非韦伦治疗的患者中有4%GGT升高到正常上限的5倍以上，其中乙肝和丙肝患者的发生率是10%。对照组中，无论有无感染乙肝或丙肝，GGT类似升高的发生率是1.5 2%。依非韦伦治疗的患者中单独的GGT升高反映的是酶的诱导而非肝毒性（见注意事项）。
血脂：某些服用依非韦伦的未感染HIV者总胆固醇可升高10 20%。依非韦伦+ZDV+3TC方案治疗的患者非空腹总胆固醇和HDL分别可升高大约20%和25%，依非韦伦+DV方案治疗的患者大约可升高40%和35%。依非韦伦对甘油三脂和LDL的作用无详细报道。目前尚不明确这些血脂改变的临床意义（见注意事项）。
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