不良反应出现在服用米那普仑的第一周内，可持续至第二周，随后将逐渐减弱，抑郁症状将改善，不良反应一般较温和，很少需要停止治疗。
单独用药或与其他精神类药物合用时最常见的不良反应主要是眩晕，出汗、焦虑、发热和排尿困难，需要特别关注的重要不良反应有：
1)恶性综合症（syndrome malin)(发生率不足0.1%）
呆滞少动，高度的肌肉僵硬，吞咽困难、心动过速、血压变化、出汗等不良反应，继而出现持续性发热的恶性综合征,出现这种症状时取停止给药，应采降低体温、补充水份等适宜的办法处理。
2）5-HT综合症（发生率不明）
因5-HT综合症出现神志错乱、出汗、幻觉、反射亢进、肌阵挛、颤栗、心动过速、震颤、发热、协调异常等症状时，应停止给药。
3）痉挛(发生率不足0.1%）
因痉挛出现异常情况时，应停止给药，采用适当的办法处理。
4）白细胞减少（发生率不明）
可能发生白细胞减少，故要随时进行血液检验，一旦发生异常，应停止给药，采用适当的办法处理。
5）重度皮肤损伤（发生率不明）
可能引起皮肤黏膜眼综合症(Stevens-Johnson syndrome)等严重皮肤损伤，故要充分观察，一旦有发热，红斑、瘙痒感、眼充血、口腔炎等时。应停止给药，采用适当的办法处理。
6)抗利尿激素异常分泌综合症(SIADH)
可能引起低钠血症、低渗透压血症、高钠尿、高张尿，意识障碍等抗利尿激素分泌异常综合症，有食欲不振，头痛，嗳气、呕吐、、全身疲倦感等症状时，要进行电解质检查，发现异常，则应采取停止给药，限制水分摄取等适当的办法处理。
7）肝功能障碍、黄疸(发生率不足0.1%）
由于AST(GOT),ALT(GPT),Y-GPT的上升，可能引起肝功能的障碍，黄疸，因此要密切观察，一旦发生异常，应立即停药，采用适当的方法处理。
一般不良反应：恶心、呕吐、口干、便秘、震颤、心悸、烦躁不安、头痛、荨麻疹、皮疹、斑丘疹或红斑、瘙痒症。
需提醒患有心血管疾病或同事接受心脏治疗的患者，常见的心血管系统的不良反应可能加重（例如高血压、低血压、体位性低血压、心动过速或心悸）、
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