本病需要与下列疾病鉴别：
1.继发性面肌痉挛
小脑脑桥角肿瘤或炎症、脑桥肿瘤、脑干脑炎、延髓空洞症、运动神经元性疾病、颅脑损伤均可出现面肌抽搐，但往往伴有其他脑神经或锥体束受损的表现，如同侧的面痛及面部感觉减退、听力障碍、对侧或四肢肌力减退等，而面肌抽搐仅仅是症状之一，所以不难鉴别。
2.癫痫
面肌局限性抽搐亦可能是部分性运动性癫痫，但其抽搐幅度较大，并往往累及颈、上肢甚或偏侧肢体，或出现典型的按大脑皮质运动区顺序扩散的Jackson发作。脑电图上可见有癫痫波发放。脑CT或MRI可能有阳性发现。仅仅局限于面部肌肉抽搐的癫痫罕见。
3.癔症性眼睑痉挛
常见于中年以上女性患者，多系两侧性，仅仅局限于眼睑肌的痉挛，而颜面下部的面肌则并不累及。可伴有其他癔病症状，其发生、消失与暗示有关。
4.习惯性面肌痉挛
常见于儿童及青壮年，为短暂的眼睑或面部肌肉收缩，常为两侧性，可由意志暂时控制。习惯性面肌抽搐的发病与精神因素有关。其肌电图与脑电图均属正常，在抽搐时，肌电图上出现的肌收缩波与主动运动时所产生的一样。
5.三叉神经痛
为面部阵发性短暂的剧烈疼痛，疼痛严重时可伴有面部肌肉抽搐。虽然原发性面肌抽搐发展至严重时，抽搐时间较久亦可引起面部疼痛，但其疼痛程度没有三叉神经痛那样剧烈。
6.舞蹈病及手足徐动症
可有面肌的不自主抽动，但均为两侧性的，且均伴有四肢类似的不自主运动。
7.Meige综合征
即睑痉挛-口下颌肌张力障碍综合征。老年女性多发，表现为双侧眼睑痉挛，伴口舌、面肌、下颌及颈肌肌张力障碍。
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