大肠杆菌是人类和动物肠道中的正常菌群，新生儿出生后数小时肠道即有该菌存在，并终生存在。大肠杆菌经常随粪便排出体外，污染周围环境、水源及食物。
粪便中的大肠杆菌污染下尿路是引起急性肾盂肾炎的重要原因。当人体抵抗力降低时，大肠杆菌可侵入肠道外组织或器官引起感染，称为内源性感染。此外，在医院内则可通过病人之间，工作人员与病人间接触、呼吸道气溶吸入或各种医疗操作等，使病人获得感染，大肠杆菌是医院获得性感染的最重要的病原菌。大肠杆菌某些血清型可引起医院内婴儿腹泻的流行，也可引起成人，尤其是旅游者发生腹泻。
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