（一）尿路感染 变形君属莫根菌属和普鲁菲登菌属是常见致病菌之一。某院尿培养中约占3～10%，以奇异变形杆菌为最多见。除糖尿病病人外，感染大多发生在慢性尿路阻塞病变的基础上，部分病人有尿路损伤性检查或导尿史。临床表现与其他菌所致者相似。
此外，亦可引起肺部感染，或为呼吸道的寄殖菌，痰培养中亦以奇异变形杆菌较多。
（二）败血症 75%病人的入侵门户为尿路，此外则以胆道、耳、乳突小房、皮肤或肠道为原发病灶。可出现寒战、高热、休克及迁徙性脓肿等。
（三）腹膜炎 多继发于内脏穿孔或肠系膜动脉栓塞后。
（四）皮肤感染 继发于烧伤、褥疮、静脉曲张性溃疡等，为本菌或本菌与其他革兰阴性杆菌或葡萄球菌混合感染。
（五）中耳和乳突小房的感染 变形菌属细菌可引起中耳炎和乳突炎，造成局部组织破坏，并间歇或持续排出带恶臭的脓性分泌物，并出现传导性耳聋。胆脂瘤性中耳炎病人合并感染时，如果胆脂瘤破坏周围骨壁，感染可向上侵入颅中窝、向后侵入颅后窝和横窦，引起脑膜炎、脑脓肿和横窦血栓形成等。
（六）眼部感染 变形菌属等亦可引起角膜溃疡，常继发于眼部创伤，偶可造成全眼炎和眼球破坏。
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