小肠结肠炎耶尔森氏菌为革兰氏阴性杆菌或球杆菌，大小为1-3.5×0.5-1.3μm，多单个散在，有时排列成短链或成堆。
本菌为革兰氏阴性杆菌或球杆菌，大小为1-3.5×0.5-1.3μm，多单个散在，有时排列成短链或成堆。本菌不形成芽胞，无荚膜，有周鞭毛；但其鞭毛在30℃以下培养条件形成，温度较高时即丧失，因此表现为30℃以下有动力，而35℃以上则无动力。
本菌生长温度为30-37℃，但在22-29℃才能使本菌的某些特性出现。4℃时能保存和繁殖。本菌世代时间长，最短亦需40分钟左右。在SS或麦康凯琼脂上于25℃经24小时培养，菌落细小，至48小时直径才增大成0.5-3.0mm。菌落圆整、光滑、湿润、扁平或稍隆起，透明或半透明；在麦康凯琼脂上菌落淡黄色，如若微带红色，则菌落中心的红色常稍深。本菌在肉汤中生长呈均匀混浊，一般不形成菌膜。
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